El agua dura contiene altas concentraciones de calcio, magnesio y otras sales minerales que, cuando se calientan y se evaporan, pueden formar depósitos de sarro en las superficies de los intercambiadores de calor del condensador enfriado por agua. Con el tiempo, esta incrustación actúa como una barrera aislante entre el agua refrigerante y las superficies metálicas del condensador, lo que perjudica la eficiencia del intercambio de calor. A medida que las incrustaciones se espesan, se requiere más energía para lograr el mismo efecto de enfriamiento, lo que lleva a una reducción de la eficiencia del sistema, mayores costos operativos y un mayor desgaste del sistema. La acumulación de incrustaciones también puede provocar una reducción de la capacidad de flujo dentro del condensador, lo que genera presiones y temperaturas más altas. Para combatir estos efectos, muchos condensadores enfriados por agua emplean ablandadores de agua que eliminan los iones de calcio y magnesio, o utilizan productos químicos antical para inhibir la formación de incrustaciones.

La calidad del agua con niveles de pH extremos (demasiado ácida o demasiado alcalina) puede provocar la corrosión de los componentes metálicos del agua. condensador enfriado por agua . El agua con un pH bajo (ácida) puede causar oxidación de las superficies metálicas, lo que provoca oxidación y debilita la integridad estructural del condensador, mientras que el agua con un pH alto (alcalino) puede causar corrosión alcalina, que descompone las superficies metálicas. La presencia de cloruros, que a menudo se encuentran en el agua de mar o en el agua de refrigeración industrial, puede acelerar la corrosión por picadura y provocar daños localizados. Para prevenir la corrosión, el agua debe tratarse para mantener un rango de pH óptimo, generalmente entre 7 y 8,5, que es ideal para prevenir la corrosión tanto ácida como alcalina. Los inhibidores de corrosión, como fosfatos, compuestos de zinc o silicatos, se usan comúnmente junto con pruebas periódicas del agua para garantizar que la calidad del agua esté dentro de límites tolerables.

Las fuentes de agua que contienen sedimentos, suciedad u otras partículas pueden provocar obstrucciones y bloqueos dentro de las tuberías y los sistemas de intercambiadores de calor del condensador enfriado por agua. Estas partículas sólidas pueden obstruir el flujo de agua, reduciendo su capacidad para transportar calor fuera del condensador. El flujo reducido aumenta la presión dentro del condensador y disminuye su eficiencia de enfriamiento general. Con el tiempo, la acumulación de sedimentos puede provocar un desgaste abrasivo en los componentes internos, lo que aumenta aún más las necesidades de mantenimiento y la posibilidad de fallos. Para mitigar estos problemas, generalmente se instalan sistemas de filtración o filtros en los puntos de entrada de agua para atrapar partículas grandes antes de que ingresen al condensador. Estos sistemas están diseñados para eliminar arena, limo y otros sólidos suspendidos que podrían dañar los componentes internos o reducir el rendimiento.

La bioincrustación ocurre cuando microorganismos, como bacterias, algas y hongos, se acumulan en las superficies de intercambio de calor del condensador. Si no se controlan, estos microorganismos pueden formar una biopelícula, que actúa como una capa aislante que perjudica significativamente la transferencia de calor. La biopelícula también promueve la corrosión y la obstrucción, lo que disminuye aún más la eficiencia del sistema. La bioincrustación es más común en sistemas que utilizan agua superficial (ríos, lagos o agua de mar) que tienen niveles más altos de materia orgánica. El crecimiento de algas es particularmente problemático porque puede bloquear el flujo de agua y provocar un mayor consumo de energía a medida que el sistema compensa la reducción de la eficiencia de la transferencia de calor. Para combatir la bioincrustación, los sistemas de tratamiento de agua a menudo incluyen biocidas químicos (como cloro, bromo o compuestos a base de cobre) que matan los microorganismos antes de que puedan establecer una biopelícula. El tratamiento con luz ultravioleta (UV) es otra opción respetuosa con el medio ambiente para prevenir el crecimiento microbiano.